Vào cuối những năm 1990, trước sự đàn áp ngày càng tăng đối với những người bất đồng chính kiến bởi chính quyền Việt Nam và sự sụp đổ của nhiều chế độ độc tài cộng sản ở Đông Âu, đặc biệt là thông qua các cuộc cách mạng bất bạo động, nhiều tổ chức và nhà hoạt động nhân quyền Việt Nam ở hải ngoại nhận ra rằng cần có sự phối hợp trên toàn thế giới để tối đa hóa hiệu năng của các nỗ lực cải thiện quyền con người ở Việt Nam. Kết quả là vào ngày 1 tháng 11 năm 1997, một đại hội đã được tổ chức tại Santa Ana, California, tập hợp một nhóm các nhà hoạt động đại diện cho nhiều tổ chức nhân quyền từ khắp nơi trên thế giới. Sau hai ngày thảo luận họ đã đi đến quyết định thành lập Mạng lưới Nhân quyền Việt Nam, và thông qua cương lĩnh và nội quy để làm cơ sở hoạt động của tổ chức. Đến năm 2000, MLNQVN đã được cấp quy chế tổ chức bất vụ lợi theo khoản 501(c)(3) của Luật Thuế liên bang Hoa Kỳ.Tính đến 2019, MLNQVN đã tổ chức 14 Đại hội định kỳ quy tụ thành viên từ nhiều quốc gia trên thế giới để kiểm điểm các công tác đã thực hiện, nhận định tình hình nhân quyền tại Việt Nam và trên thế giới, và hoạch định đường hướng và công tác cho thời gian tới.[2]